More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_tRNA18 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_tRNA18  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA10  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0047  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0015    96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.348297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0054  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0053  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0663368 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0020  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.844212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0063  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124606  normal  0.113199 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0053  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.4871  normal  0.314649 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0027  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.285298  hitchhiker  0.00194962 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0010  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.021677 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0068  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0015  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0031  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0041  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0008  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0425989  normal  0.0119872 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0051  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0003  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000778688  normal  0.0120453 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0089  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139487  normal  0.187722 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0042  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.333285 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0020  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.530354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna51  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.000980823  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0084  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000245479  normal  0.337418 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0008  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.532547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0015  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0061  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.842258  normal  0.752535 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0007  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna58  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000146437  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0009  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0003  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0082  tRNA-Ala  94.67 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0003  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.070805  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0010  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.177637  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0072  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.01367  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0004  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000388071  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0004  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000194526  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0046  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.22296 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0010  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000320815  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0023  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0081  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0006  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0043  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.345633  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0068  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102371  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0054  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0019  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0061  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.055135 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0049  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0037  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0041  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0636835  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0025  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.156326  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0035  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0065  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0041  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0709552  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0057  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0065  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.195359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0050  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.326292 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0038  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.31999 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0059  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4325  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00976587  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4349  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.271842  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4354  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.118152  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0051  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0057  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0004  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0006  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0860739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0011  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.193139  normal  0.133058 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0009  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000731062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0052  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0072  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.204663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0039  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0022  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1020  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt13  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0344586  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0056  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0006  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0020  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0044  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167304  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0062  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0023  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.365423 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1792  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00323492  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0029  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1584  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0070  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.756512  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0042  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0052  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0042  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0012  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0020  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1084  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0260  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-7  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t32  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.318982  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t37  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00721336  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0169  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0182  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0410  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>