More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4552 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4552  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566095  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6552  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4580  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6555  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0737446 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0048  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.498854 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0058  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0040  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130821  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0080  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0009  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292395  normal  0.689631 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0030  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.915184  normal  0.110132 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0164  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.405268  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1707  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1834  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0072  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000540506  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0063  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.808449  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0008  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000809396  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3082  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0014  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0634933  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0014  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0213488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0386  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0011  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.454361  hitchhiker  0.00914283 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0050  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.142623  normal  0.530513 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0016  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128049  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0003  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0057  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0038  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.31999 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0012  tRNA-Ala  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00270892  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4325  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00976587  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4349  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.271842  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4354  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.118152  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0051  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0057  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0050  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.326292 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0065  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.195359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0065  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0034  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0046  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0059  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0039  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0052  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0004  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0072  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.821542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0061  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt13  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0344586  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0004  tRNA-Ala  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108101  normal  0.807397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0020  tRNA-Ala  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.71083e-16  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0029  tRNA-Ala  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000220959  unclonable  0.000000053075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0041  tRNA-Ala  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000493148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0058  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.819419 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0017  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0394632  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4292  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000724507  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0071  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0009  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1792  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00323492  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1020  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0004  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000571046  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0469  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000319828  normal  0.0257822 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4264  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000257856  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0030  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0020  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.18478  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0084  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0403496  normal  0.138563 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0057  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0965803  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0039  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.436106  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0064  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.801657 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0056  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0042  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0052  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0020  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0032  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0046  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1584  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0034  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000978021  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0017  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00161415  hitchhiker  0.00407434 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4205  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556554  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0128  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000050642  normal  0.0403899 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0047  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000145993  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0627  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351596  normal  0.0173581 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0103  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000241452  normal  0.0209132 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0035  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304574  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0060  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000375554  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0260  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1084  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t32  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.318982  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t37  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00721336  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0010  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0704322  hitchhiker  0.00208971 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0080  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00204855  normal  0.185983 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0027  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0033  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0072  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000523195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0036  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000936293  normal  0.188106 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0013  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0066  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00138372  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>