299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_R0028 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000264916  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0029  tRNA-Ala  88.57 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0034  tRNA-Ala  88.57 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.151795  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0019  tRNA-Ala  86.67 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0037  tRNA-Ala  86.67 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  87.14 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0039  tRNA-Ala  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  87.14 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0055  tRNA-Ala  86.3 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.882837  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0044  tRNA-Ala  87.67 
 
 
72 bp  65.9  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0031  tRNA-Ala  87.67 
 
 
72 bp  65.9  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0007  tRNA-Ala  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0023  tRNA-Ala  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0051  tRNA-Ala  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.128011  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0056  tRNA-Ala  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0015  tRNA-Ala  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0358184  normal  0.634668 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0049  tRNA-Ala  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000677236  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0006  tRNA-Ala  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238742  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0027  tRNA-Ala  89.09 
 
 
81 bp  61.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00356444  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0119522  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0044  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.541664  hitchhiker  0.000000158432 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0032  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0119257  normal  0.670174 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0034  tRNA-Ala  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000978021  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0014  tRNA-Ala  96.97 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0213488  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0030  tRNA-Ala  96.97 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.915184  normal  0.110132 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0034  tRNA-Ala  96.97 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0046  tRNA-Ala  96.97 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0033  tRNA-Ala  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0030  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0041  tRNA-Ala  88.24 
 
 
73 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0636835  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0080  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0010  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.177637  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0016  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.168843  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0038  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000224976  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna17  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0071  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0003  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0082  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0040  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  54  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0056  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0050  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.903687  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0055  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.186103  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0046  tRNA-Ala  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00198134  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0003  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.070805  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0035  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0036  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0009  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0009  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292395  normal  0.689631 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0025  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.678312  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna15  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888051  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0003  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0023  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00683735  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0034  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0822071  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0052  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00134949  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0062  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.128618  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0035  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304574  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0020  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.18478  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0039  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0040  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0690466  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0067  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00925323  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0020  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0072  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.01367  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0025  tRNA-Ala  88.24 
 
 
73 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.156326  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0061  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0017  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0394632  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0046  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0051  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.510078  normal  0.0905672 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0035  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0072  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.821542  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0037  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  54  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386213  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00060  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0512928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0076  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000601074  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2188  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000878402  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-7  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2157  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2231  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70890  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.419729 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0553  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2450  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2493  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2571  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2608  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0020  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0080  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0169  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0182  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0410  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1783  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0456  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0384853  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000390105  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.755946  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>