More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0013 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238742  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0052  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0013  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0119522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0044  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.541664  hitchhiker  0.000000158432 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0032  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0119257  normal  0.670174 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0049  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000677236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0015  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0358184  normal  0.634668 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0062  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.128618  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0052  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00134949  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0034  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0822071  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0023  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00683735  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0020  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0071  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0020  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.18478  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0056  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0072  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.821542  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0050  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.903687  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0055  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.186103  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0030  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0013  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0061  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0035  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304574  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0017  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0394632  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0046  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0034  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0046  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0003  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0016  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.168843  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0030  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.915184  normal  0.110132 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0034  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000978021  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0014  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0634933  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0084  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0403496  normal  0.138563 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4205  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 78 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556554  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0017  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00161415  hitchhiker  0.00407434 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0047  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000145993  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0627  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 78 bp  97.6  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351596  normal  0.0173581 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0469  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 78 bp  97.6  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000319828  normal  0.0257822 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0004  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000571046  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4292  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 78 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000724507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0128  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 78 bp  97.6  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000050642  normal  0.0403899 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0060  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000375554  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla01  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla02  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0103  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000241452  normal  0.0209132 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4264  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 78 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000257856  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t10  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.922263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t69  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.595714  hitchhiker  0.00914053 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5644  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5655  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000213498  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5696  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000731558  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5724  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000745652  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t04  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000729752  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000677485  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.511469  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000396068  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000114514  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.265738  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000288872  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.520164  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA15  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.140136  normal  0.0102335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA81  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00142149  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R14  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000817824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R3  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00599738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R43  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000550301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R58  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000367704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R79  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000916269  hitchhiker  0.00756682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R92  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000124955  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0003  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0022  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0054  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0077  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0131  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000907835  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00147071  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000936426  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418225  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000357086  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0019  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0007  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291536 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0083  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0077  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000402465  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0076  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.989277 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0030  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.284622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0062  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000746222  normal  0.783318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0033  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000292455  normal  0.447414 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0011  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000293397  hitchhiker  0.000919348 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0003  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0091  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000036342  hitchhiker  0.00439232 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0023  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0102  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00179656  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0041  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000928737  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0026  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0540884  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0010  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>