298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0025 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0049  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.695027  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0034  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02400  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0958058  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0006  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829579  hitchhiker  0.00518184 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0052  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0037  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0028  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.324355 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0003  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0067  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.840487  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0038  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.644125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0006  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0003  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245807  unclonable  0.00000000000471702 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0006  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0006  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470986 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna12  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562773  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0020  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0587495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1746  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3815  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216793  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3896  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3180  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2353  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0023  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0014  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3144  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0002  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0049  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0019  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0022  tRNA-Ala  87.88 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0004  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0060  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.367412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0048  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.152542 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0054  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0194635  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08330  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0848374 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0318084  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0054  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876029  normal  0.742043 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0058  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000693286  normal  0.541415 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0018  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00619278  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0008  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.224087 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0023  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0084  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0057  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.646695 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0062  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.259721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0065  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0073  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153507 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0004  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0028446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0019  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0056  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000771632  normal  0.557555 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0047  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.119582  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0071  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000197346  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6047  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6015  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6008  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458315 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0114  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000837994  normal  0.210709 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0044  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000237327  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0040  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000974841  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0048  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00170622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0035  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000225526  normal  0.205533 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0002  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0022  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.331538  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0085  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000688408  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0103  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0320244  normal  0.194371 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>