136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0054 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0055  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.882837  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0052  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0015  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0358184  normal  0.634668 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0049  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000677236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0037  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0040  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0003  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0016  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.168843  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0019  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0037  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0002  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0019  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000122889  normal  0.598483 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238742  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.630554  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0050  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.903687  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0055  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.186103  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0013  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0119522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0044  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.541664  hitchhiker  0.000000158432 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0032  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0119257  normal  0.670174 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1688  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0559093  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0013  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0035  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0491  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000930823  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0008  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0052  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0028  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000264916  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0079    96.43 
 
 		 282 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0004  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0003  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0020  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0011    96.43 
 
 		 226 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.159974  normal  0.242309 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  84.51 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0013  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0029  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>