176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0029 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  97.33 
 
 		 76 bp  133  6e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  97.33 
 
 		 76 bp  133  6e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0039  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000954288 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0041  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00164455  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0531103 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1352  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10200  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.24537  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10290  tRNA-Ala  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1394  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0016  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00136922  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0017  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000513914  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0029  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0037  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.822608  normal  0.125193 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0073  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0045  tRNA-Ala  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0148496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07860  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0020  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0013  tRNA-Ala  92 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0927028  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t18  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000569276  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0030  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0510531  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAlaVIMSS1309149  tRNA-Ala  92 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0382478  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00100  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0032  tRNA-Ala  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0040  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.403518  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309258  tRNA-Ala  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.195414 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0048  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000617749  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0045  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.215104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0049  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000594982  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0025  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0038  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.882256  normal  0.801232 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0021  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.584667  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAlaVIMSS1309073  tRNA-Ala  90 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAlaVIMSS1309191  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13041  hypothetical protein  90 
 
 		 165 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.195099 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAlaVIMSS1309346  tRNA-Ala  90 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.190165 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0050  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00234368 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0014  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0052  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00190708  normal  0.716322 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0050  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0674912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0051  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0002  tRNA-Ala  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0017  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0002  tRNA-Ala  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0002  tRNA-Ala  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0016  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.650839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0041  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209251  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00110  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0052  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.353851  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0002  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0015  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000110801  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0026  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0031  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0202697  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0012  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0011  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.204027  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00090  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309124  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.127335  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0011  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14037  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.897629 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0002  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0114532  normal  0.0453152 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0038  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.466573  normal  0.290235 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0018  tRNA-Ala  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>