153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0052 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0047  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0033  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0023  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0021  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0028  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.217171 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0055  tRNA-Ala  88.71 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.882837  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0054  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0010  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0042  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0038  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0002  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.157867  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0017  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0011  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0002  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0004  tRNA-Asp  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0031  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0170329  normal  0.236609 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14002  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0029  tRNA-Ala  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0034  tRNA-Ala  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.151795  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0002  tRNA-Ala  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0002  tRNA-Ala  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0003  tRNA-Asp  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0022  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0040  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0056  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0002  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0016  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0019  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1816  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0037  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000878402  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-7  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0016  tRNA-Ala  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000587124  normal  0.11774 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0027  tRNA-Ala  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000535173  decreased coverage  0.000361063 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08590  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000156389 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55634  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.269014 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0020  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0169  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0182  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0410  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1783  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0153  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0507  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0352051  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0054  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1705  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1712  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1725  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.67576  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0010  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0704322  hitchhiker  0.00208971 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0036  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000936293  normal  0.188106 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0072  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000523195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5401  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0384247  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6151  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140064  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0033  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1274  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1523  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0077  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.329264  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0456  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0384853  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1510  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2157  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2188  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2231  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2238  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2257  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.124846  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2321  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>