101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0016 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0004  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.155196  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04940  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.669042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1816  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0038  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0006  tRNA-Ala  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0009  tRNA-Ala  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0003  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000742572  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0024  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000188635  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0017  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476615  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0016  tRNA-Ala  93.18 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000587124  normal  0.11774 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0027  tRNA-Ala  93.18 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000535173  decreased coverage  0.000361063 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0033  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0023  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0028  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.217171 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0021  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0002  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000366023  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0040  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285591  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0022  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0040  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0056  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0002  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0002  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.22367  normal  0.0175054 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0002  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534142 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0042  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0002  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.353187  normal  0.0609648 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0003  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0411773  normal  0.562233 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0064  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_AR0071  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0065  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  100 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0025  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000185989  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0054  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127331  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07560  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.458436  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0002  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0001  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0047  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0036  tRNA-Ala  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0010  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0023  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.592453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0022  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0038  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.463505  normal  0.275868 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0025  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000151787  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0052  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0028  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0101867  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0046  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0265781  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14002  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0005  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0152026  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla01  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla02  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0003  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.897638  normal  0.0843141 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0015  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0032  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0041  tRNA-His  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000458383  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0075  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000000858856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0020  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0040  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000841644  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0040  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207175  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0039  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.980011 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0011  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0017  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0022  tRNA-Ala  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.213128  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0018  tRNA-Gly  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.045305  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0044  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00398337 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0003  tRNA-Ala  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.774544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0002  tRNA-Ala  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0008  tRNA-Ala  83.87 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00250215  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>