135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_R0006 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0009  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0025  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000185989  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0025  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000151787  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0039  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000281938  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0005  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0152026  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0054  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0040  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000050813  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0038  tRNA-Ala  91.53 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0016  tRNA-Ala  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0057  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0335757  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0006  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0033  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0023  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0028  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.217171 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0021  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0044  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167304  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.365423 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1816  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0031  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.488566  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0022  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.836279  normal  0.0847494 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.148209  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0028  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0101867  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0048  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143033  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0019  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000122889  normal  0.598483 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0047  tRNA-Ala  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0004  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.554141  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0065  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0059636  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Val-3  tRNA-Val  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0053  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1767  tRNA-Val  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0055  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229189  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2091  tRNA-Val  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.872247  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0066  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0285169  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0036  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000174487 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0046  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00198134  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0013  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00398337 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0057  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0037  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000412611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0069  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0045  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0010  tRNA-Ala  89.74 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000307763  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0020  tRNA-Ala  89.74 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0025  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0041  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0031  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0015  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0042  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.333285 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0019  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0049  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0061  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.055135 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0007  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0051  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>