More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0017 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_R0017  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476615  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0004  tRNA-Ala  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.155196  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07560  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.458436  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0047  tRNA-Val  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0016  tRNA-Ala  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0002  tRNA-Ala  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0039  tRNA-Ala  93.02 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.436106  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  86.57 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0009  tRNA-Ala  93.02 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0057  tRNA-Ala  93.02 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0965803  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0051  tRNA-Gly  89.66 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0073  tRNA-Val  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.222054  normal  0.378802 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0052  tRNA-Gly  89.66 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0052  tRNA-Gly  89.66 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0050  tRNA-Gly  89.66 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0064  tRNA-Gly  88.52 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.729531  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0002  tRNA-Ala  94.59 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0021  tRNA-Ala  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0033  tRNA-Ala  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0023  tRNA-Ala  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0028  tRNA-Ala  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.217171 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0003  tRNA-Ala  85.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.774544  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0015  tRNA-Ala  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0031  tRNA-Gly  86.57 
 
 
75 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000046959  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0002  tRNA-Ala  89.36 
 
 
73 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0011  tRNA-Ala  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0003  tRNA-Val  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0002  tRNA-Ala  89.36 
 
 
73 bp  54  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0047  tRNA-Ala  90.48 
 
 
73 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0057  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0025  tRNA-Ala  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000185989  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0022  tRNA-Ala  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0061  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3218  tRNA-Val  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.229381  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3219  tRNA-Val  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.232653  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3220  tRNA-Val  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0584974  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3221  tRNA-Val  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0555277  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3222  tRNA-Val  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.055188  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3223  tRNA-Val  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0588431  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0077  tRNA-Val  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.035914  normal  0.156814 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0078  tRNA-Val  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0323517  normal  0.156199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0079  tRNA-Val  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.101536  normal  0.15355 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0080  tRNA-Val  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273364  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0081  tRNA-Val  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.277615  normal  0.0524601 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0082  tRNA-Val  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.278662  normal  0.0519347 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0083  tRNA-Val  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.380534  normal  0.052943 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0050  tRNA-Ala  84.06 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00215399  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0018  tRNA-Ala  84.06 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012168  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0024  tRNA-Ala  84.21 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0197077  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285591  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0065  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000604165  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0654  tRNA-Ala  96.43 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1372  tRNA-Ala  96.43 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0020  tRNA-Ala  96.43 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0164  tRNA-Ala  96.43 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.405268  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1707  tRNA-Ala  96.43 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1834  tRNA-Ala  96.43 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0042  tRNA-Ala  85.71 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0062  tRNA-Gly  87.5 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.588176  normal  0.0646028 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0024  tRNA-Ala  96.43 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00249338  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0048  tRNA-Ala  96.43 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00554369  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0079  tRNA-Ala  96.43 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.231908  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t32  tRNA-Ala  88.37 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.318982  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t37  tRNA-Ala  88.37 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00721336  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt13  tRNA-Ala  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0344586  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0003  tRNA-Ala  85.92 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0022  tRNA-Ala  85.92 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0054  tRNA-Ala  85.92 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0077  tRNA-Ala  85.92 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0042  tRNA-Ala  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0052  tRNA-Ala  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0260  tRNA-Ala  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1084  tRNA-Ala  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0036  tRNA-Gly  85.07 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0004  tRNA-Thr  85.45 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.166563  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0013  tRNA-Ala  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0033  tRNA-Ala  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0066  tRNA-Ala  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00138372  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0027  tRNA-Ala  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60330  tRNA-Arg  86.44 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.665088  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1020  tRNA-Ala  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1584  tRNA-Ala  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1792  tRNA-Ala  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00323492  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0006  tRNA-Ala  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.118096  hitchhiker  0.00000272915 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0003  tRNA-Ala  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000305721  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0009  tRNA-Ala  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000731062  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1169  tRNA-Ala  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000639478  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3107  tRNA-Ala  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538271  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0006  tRNA-Ala  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>