91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Ala-1 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285591  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0050  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000486604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0039  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.980011 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04940  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.669042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0002  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000366023  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna12  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562773  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0003  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0001  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0064  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0054  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127331  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0065  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3144  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0080  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190883 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0004  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.155196  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0049  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.695027  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0019  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0011  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0049  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0015  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0004  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0060  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.367412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0016  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0001  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000732072  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0023  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0022  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0006  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470986 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0006  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829579  hitchhiker  0.00518184 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0038  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.644125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0003  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245807  unclonable  0.00000000000471702 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2353  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0028  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.324355 
 
 
-
 
NC_003295  RS02400  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0067  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.840487  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0006  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0006  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0020  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0587495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1746  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0002  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3815  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216793  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3896  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3180  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0014  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0958058  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0052  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0037  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0061  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0017  tRNA-Thr  88 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0721546  normal  0.333053 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0057  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0029  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.151795  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0042  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.697663 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0040  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0186421 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.905085  normal  0.99602 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0026  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.380478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176599  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.434197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0019  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0040  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124514 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0032  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.708843 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07560  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.458436  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0017  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476615  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0022  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0054  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0194635  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0040  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000050813  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0025  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000151787  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0049  tRNA-Ala  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0025  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000185989  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  82.86 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0039  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000281938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>