133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0002 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0064  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0054  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127331  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0065  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0061  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0057  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  96.61 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0001  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0015  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0064  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.805533 
 
 
-
 
NC_003295  RS02400  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0958058  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0052  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0037  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2353  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0067  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.840487  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0006  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0006  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0020  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0587495  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0028  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.324355 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1746  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3815  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216793  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3896  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3180  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0003  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245807  unclonable  0.00000000000471702 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0006  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829579  hitchhiker  0.00518184 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0006  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470986 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0023  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0038  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.644125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0011  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0014  tRNA-Ala  90.16 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0022  tRNA-Ala  90.16 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0019  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0060  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.367412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0049  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0004  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0049  tRNA-Ala  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.695027  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0003  tRNA-Ala  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0014  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0014  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.580851  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0080  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190883 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3144  tRNA-Ala  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285591  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0024  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000188635  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0002  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0039  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.980011 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0003  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000742572  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0040  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1816  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0002  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.22367  normal  0.0175054 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0002  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534142 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0002  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.353187  normal  0.0609648 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0003  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0411773  normal  0.562233 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0016  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0050  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000486604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0047  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0813  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465063  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4844  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054319  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5401  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0384247  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6151  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140064  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0050  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0108182  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0018  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0023  tRNA-Ala  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.592453  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>