120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_07560 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_07560  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.458436  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0051  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.510078  normal  0.0905672 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0004  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.155196  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0017  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476615  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04940  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.669042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0016  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0003  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna12  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562773  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3262  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3264  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3265  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3268  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0050  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000486604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285591  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02400  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0958058  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0052  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0037  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0049  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.695027  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0014  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3144  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0019  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0067  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.840487  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0006  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0028  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.324355 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0006  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0020  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0587495  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0060  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.367412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1746  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3815  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216793  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3896  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3180  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0003  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245807  unclonable  0.00000000000471702 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0032  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0006  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829579  hitchhiker  0.00518184 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0049  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0006  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470986 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0022  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0023  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0004  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0038  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.644125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2353  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0038  tRNA-Gly  83.58 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499148  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  84.13 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0014  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0213488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0167  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1831  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.399609  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1914  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0034  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000978021  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0023  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00683735  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0034  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0822071  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0052  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00134949  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0030  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.915184  normal  0.110132 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0040  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0690466  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0067  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00925323  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0017  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0394632  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0046  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0046  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0039  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0737446 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0048  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.498854 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0056  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0011  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.434197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0019  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0026  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0032  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.708843 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0040  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124514 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0011  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176599  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0020  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.380478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0027  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0034  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.697663 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0040  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0186421 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0020  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.18478  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0035  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0072  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.821542  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0040  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0049  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0058  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0013  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0021  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.905085  normal  0.99602 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0027  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0034  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0042  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0009  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0039  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.436106  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0057  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0965803  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6552  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4552  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566095  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4580  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0004  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0037  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0234109  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0038  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>