207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0007 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04940  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.669042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0051  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.510078  normal  0.0905672 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0040  tRNA-Ala  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0004  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.155196  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0015  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  87.69 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0057  tRNA-Ala  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0061  tRNA-Ala  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0016  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07560  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.458436  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309286  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  86.57 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  86.57 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  86.57 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  86.57 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0011  tRNA-Ala  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  86.57 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0001  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1816  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0044  tRNA-Ala  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.695473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  86.15 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  86.89 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0002  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0047  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0052  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0039  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.980011 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0002  tRNA-Ala  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000366023  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  86.15 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  86.15 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0003  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0017  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0011  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0002  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0002  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0031  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0170329  normal  0.236609 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0029  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0034  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.151795  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0075  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0049  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0025  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0004  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0022  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>