79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0022 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_R0022  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0031  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.488566  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0023  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.592453  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0011  tRNA-Ala  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0017  tRNA-Ala  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0035  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000342792  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0015  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0011  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0057  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0047  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0061  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna12  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562773  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0017  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476615  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04940  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.669042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0016  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.217171 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0033  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0040  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285591  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0040  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0039  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.980011 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0040  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207175  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0028  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.148209  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0037  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0034  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0023  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.365423 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0044  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0009  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0047  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0006  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0020  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0044  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167304  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0062  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0006  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0052  tRNA-Ala  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  82.86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0055  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.186103  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0050  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.903687  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.168843  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0046  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00198134  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>