More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0023 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.365423 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0044  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167304  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0019  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0041  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0042  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.333285 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0081  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0019  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0031  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0037  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0051  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0006  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0043  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.345633  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0008  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.532547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0061  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.055135 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0023  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0015  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0054  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0007  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0068  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102371  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0061  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.842258  normal  0.752535 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0049  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0020  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.530354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0041  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0054  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0015    92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.348297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0047  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0053  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0663368 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0020  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.844212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0063  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124606  normal  0.113199 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0010  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.021677 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0068  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0015  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0027  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.285298  hitchhiker  0.00194962 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0072  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.204663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0053  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.4871  normal  0.314649 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt13  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0344586  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA10  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA18  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1792  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00323492  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1584  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0042  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0052  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0260  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1084  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1020  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t32  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.318982  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t37  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00721336  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0027  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0027  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0042  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0026  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0019  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0011  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.434197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0032  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.708843 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0040  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124514 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0020  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.380478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0011  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176599  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0034  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.697663 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0013  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0021  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.905085  normal  0.99602 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0034  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0040  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0186421 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0013  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0037  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0014  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0070  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.756512  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0037  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0033  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0013  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0036  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0066  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00138372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0012  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0056  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0020  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0045  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0027  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0014  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.288772  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0009  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0057  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0965803  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0039  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.436106  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0039  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0041  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0030  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0857706 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1191  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0467574  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0038  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0084  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000245479  normal  0.337418 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0057  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00765372  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0089  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139487  normal  0.187722 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0008  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0425989  normal  0.0119872 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0003  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000778688  normal  0.0120453 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0006  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0860739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0011  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.193139  normal  0.133058 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0018  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000251336  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0072  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000392242  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0004  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>