296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_R0034 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0022  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0031  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.488566  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0011  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0017  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0040  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0037  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0052  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0049  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.695027  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0035  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0040  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0015  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0025  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000185989  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0002  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0072  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.665456  hitchhiker  0.000486615 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0057  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0061  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0011  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309286  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0064  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0040  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207175  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0023  tRNA-Ala  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.592453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02400  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0052  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0037  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0003  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0019  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000122889  normal  0.598483 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0039  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000281938  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0003  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245807  unclonable  0.00000000000471702 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0067  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.840487  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0006  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470986 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0006  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829579  hitchhiker  0.00518184 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0006  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0040  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000050813  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0034  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.151795  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0029  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0054  tRNA-Ala  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0006  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2353  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0020  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0587495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1746  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3815  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216793  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3896  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3180  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>