More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smon_R0017 on replicon NC_013515
Organism: Streptobacillus moniliformis DSM 12112



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013515  Smon_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0017  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla01  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla02  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0024  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000188635  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0003  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000742572  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0004  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000571046  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0084  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0403496  normal  0.138563 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0469  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000319828  normal  0.0257822 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4292  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000724507  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4205  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556554  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0017  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00161415  hitchhiker  0.00407434 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0627  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351596  normal  0.0173581 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0103  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000241452  normal  0.0209132 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0128  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000050642  normal  0.0403899 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0030  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000491237  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0047  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000145993  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0060  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000375554  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4264  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000257856  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0044  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0044  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000237327  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0054  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00629084  normal  0.3868 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0015  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00408326  hitchhiker  0.00315011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0078  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000280494  normal  0.145068 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0011  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000293397  hitchhiker  0.000919348 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0062  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000746222  normal  0.783318 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0006  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000138481  normal  0.649612 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t04  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t10  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0117548  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t16  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.266667  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t41  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.155004  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t62  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.132362  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0033  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000292455  normal  0.447414 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA15  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.140136  normal  0.0102335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA50  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000979507  normal  0.305106 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA6  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0168581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA72  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA81  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00142149  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R14  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000817824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R3  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00599738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R43  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000550301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R58  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000367704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R79  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000916269  hitchhiker  0.00756682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R92  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000124955  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0060  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000273656  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0023  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000263771  hitchhiker  0.000576138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0097  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000376718  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0008  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000983847  hitchhiker  0.000163043 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0091  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000036342  hitchhiker  0.00439232 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0019  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0023  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0032  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0136  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00216057  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0071  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.116303  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0010  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0312257  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t69  tRNA-Ala  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.595714  hitchhiker  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0003  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0369112  normal  0.119668 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0092  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.892072  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0044  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0340  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0346  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0557  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0563  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3906  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0026  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0505593  unclonable  0.00000400099 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0116  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551315  hitchhiker  0.000206689 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0083  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00420307  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t004  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t063  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0021  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0879619  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0008  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000976028  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0012  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0133641  hitchhiker  0.000473278 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0009  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.192071  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0174  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.17996  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0037  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0515316  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0009  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0330321  hitchhiker  0.00801031 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0009  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0283153  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0117  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00397106  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0002  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00133969  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0009  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0632533  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0017  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0175356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0024  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.022651  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0082  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000141223  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0009  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000331872  normal  0.306257 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0073  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0694926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0009  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.441626  hitchhiker  0.00992497 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0022  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000187329  normal  0.052619 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0073  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0105913  normal  0.127939 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0006  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00464814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0063  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00661902  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>