299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_R0030 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_R0030  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000491237  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0044  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000237327  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0047  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.119582  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0085  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000688408  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0023  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0040  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000974841  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0114  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000837994  normal  0.210709 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0048  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00170622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0071  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000197346  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0103  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0320244  normal  0.194371 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0035  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000225526  normal  0.205533 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0037  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000412611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0069  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0076  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0810771  normal  0.223627 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3137t  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00236079  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna086  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000772007  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2834  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000118902  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0045  tRNA-Ala  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2090  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.864431  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01010  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1766  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0011  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0017  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0096  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000883074  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0111  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000942112  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0057  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121136  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0318084  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0050  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.21974  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0084  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0403496  normal  0.138563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0047  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.055133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0004  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000571046  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4264  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000257856  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0007  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2646  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2554  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2776  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.453071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0062  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0103  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000241452  normal  0.0209132 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R34  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0051  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.118722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0627  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351596  normal  0.0173581 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0033  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.106425 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4205  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556554  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2669  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2604  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0335338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0075  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2775  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.466623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2555  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000235232  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0094  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000040365  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0469  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000319828  normal  0.0257822 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0017  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00161415  hitchhiker  0.00407434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0031  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0725806 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0128  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000050642  normal  0.0403899 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0029  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0737058 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0104  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000207184  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0049  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.123188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0047  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000145993  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0017  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.0000742006  normal  0.411264 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0073  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0071  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.735221 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3627  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00311856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0060  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000375554  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA3  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4292  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000724507  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  86.84 
 
 		 147 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>