159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0028 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.148209  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0045  tRNA-Ala  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0076  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0810771  normal  0.223627 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0087  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0115  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0037  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000412611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0069  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0001  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0044  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167304  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0120  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0009  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.365423 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0023  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0044  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0044  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000237327  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0040  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000974841  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0048  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00170622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0103  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0320244  normal  0.194371 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0114  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000837994  normal  0.210709 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0071  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000197346  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0085  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000688408  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0035  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000225526  normal  0.205533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0047  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.119582  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0048  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.152542 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0035  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000342792  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08330  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0848374 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0047  tRNA-Ala  84.06 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0039  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000281938  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0054  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0040  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000050813  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0033  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0025  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0022  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.217171 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0039  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.575536  normal  0.4318 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0051  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.681144  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0061  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.842258  normal  0.752535 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0046  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000106741  normal  0.144267 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t07  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.802625  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0030  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000491237  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0007  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0045  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0041  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0134468  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1766  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0055  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229189  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0025  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000185989  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0005  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0152026  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0008  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.532547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0020  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.530354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0021  tRNA-Val  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.824854  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01010  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0051  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0025  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000151787  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0015  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0042  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.333285 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>