77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_R0054 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0040  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000050813  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0039  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000281938  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0025  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000151787  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0025  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000185989  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0009  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0006  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0057  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0335757  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0005  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0152026  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0046  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00198134  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0017  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156836  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0068  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0550455 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  93.18 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0053  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0028  tRNA-Val  93.18 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.464795  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0067  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0193127 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  93.18 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0051  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0045  tRNA-Val  93.18 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.218137  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0016  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.867595  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0055  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.623624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  93.18 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0031  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.488566  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0021  tRNA-Val  93.18 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0144657  normal  0.36354 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0073  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00171316  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0038  tRNA-Ala  86.44 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0006  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0006  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0062  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0020  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0044  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167304  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0023  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.365423 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0009  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0028  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.148209  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0013  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00398337 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0008  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.52636  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0008  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.142528  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Val-3  tRNA-Val  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0008  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0607736  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2091  tRNA-Val  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.872247  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0007  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.682382  normal  0.836798 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1767  tRNA-Val  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1326  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00274987  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0022  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.409471 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0039  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0312373 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0049  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.695027  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0038  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.322941  normal  0.556926 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06590  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.435394 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0043  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383968  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0683  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.684611  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0050  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0788  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.611877  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>