152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0041 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0045  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0030  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000491237  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0023  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0037  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000412611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0069  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0044  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000237327  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0040  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000974841  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0048  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00170622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0103  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0320244  normal  0.194371 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0114  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000837994  normal  0.210709 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0071  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000197346  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0085  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000688408  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0035  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000225526  normal  0.205533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0047  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.119582  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04600  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0028  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.148209  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1766  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2090  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.864431  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0076  tRNA-Ala  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0810771  normal  0.223627 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0001  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0057  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121136  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0024  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134353 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0048  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.152542 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08330  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0848374 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00080  tRNA-Ala  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000907858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28340  tRNA-Ala  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.146579 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0002  tRNA-Ala  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000555494 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0318084  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0037  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0040  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0002  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.552178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3137t  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00236079  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0054  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0194635  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0037  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0038  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0059  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0507601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0061  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0898081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0020  tRNA-Ala  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0017  tRNA-Ala  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0031  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.488566  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0040  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0016  tRNA-Ala  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.650839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2834  tRNA-Ala  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000118902  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0094  tRNA-Ala  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000040365  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0096  tRNA-Ala  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000883074  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>