More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0049 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  121  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0010  tRNA-Val  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0068  tRNA-Val  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.392082  normal  0.0474076 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  94.92 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0015  tRNA-Val  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000205698  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0052  tRNA-Val  92.75 
 
 		 75 bp  89.7  9e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.587124 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0024  tRNA-Val  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.469275  hitchhiker  0.0000034793 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0023  tRNA-Val  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.169175  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0071  tRNA-Val  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.99894  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0026  tRNA-Val  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0025  tRNA-Val  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.19601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal03  tRNA-Val  93.1 
 
 		 80 bp  83.8  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0033  tRNA-Val  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-2  tRNA-Val  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000334583  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0036  tRNA-Val  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_966  tRNA-Val  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00216309  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0045  tRNA-Val  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0449962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0001  tRNA-Val  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000456569  normal  0.401472 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0010  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.239466  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Val-1  tRNA-Val  95.45 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.301674  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4228  tRNA-Val  89.66 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000102748  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0057  tRNA-Val  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.858787  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0077  tRNA-Val  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00426255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00027  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.825713  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00028  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.813226  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0047  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347676  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0048  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000092114  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t55  tRNA-Val  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t56  tRNA-Val  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0075  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00433017  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1557  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.939336  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t34  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0987104  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t35  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0521138  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA41  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.179382 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA42  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191671  normal  0.176048 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2379  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000292558  hitchhiker  0.00911124 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60190  tRNA-Val  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0052  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0045  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.653402  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0053  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.855863  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R39  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0141809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1532  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000254029  hitchhiker  0.00110314 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0053  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452595  hitchhiker  0.000000169384 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0062  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000022739  hitchhiker  0.00000336445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0053  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0699636  normal  0.799268 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0032  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  normal  0.0470696 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1519  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000581354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1520  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00188804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4667  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334967  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1920  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0104306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1751  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000295955  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2580  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0938444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0063  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000215806  hitchhiker  0.00000333382 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0041  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.777781  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0061  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000225678  hitchhiker  0.00000327406 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0032  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002348 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0042  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1534  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0495924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2581  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0567199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0046  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0053  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0054  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0571511  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2149  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000169486  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0070  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256886 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0076  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00448767  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0046  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0045  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191089 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1531  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000929457  hitchhiker  0.00112826 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2148  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000010936  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0046  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020068 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4230  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000689927  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4229  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000067821  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1201  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0742483  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1533  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.102488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1556  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0045  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1202  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0491839  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5035  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000158599  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5036  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000151572  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1750  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000307379  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2378  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000316536  hitchhiker  0.00924941 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1919  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0105703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0045  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.431879  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0054  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0691597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0033  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435872  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0071  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193392 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0044  tRNA-Val  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.64476  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>