42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_R0005 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0152026  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0009  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0006  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0054  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0039  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000281938  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0040  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000050813  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0025  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000185989  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0025  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000151787  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0057  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0335757  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0073  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00171316  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0038  tRNA-Ala  86.44 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0023  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.365423 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0062  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0044  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167304  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0020  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0006  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0043  tRNA-Asp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383968  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0031  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.488566  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0016  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  85.92 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0028  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.148209  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0029  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000441768  normal  0.0859577 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0055  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.623624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0053  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0068  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0550455 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0067  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0193127 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0051  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>