244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0026 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  147  4.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  97.3 
 
 
75 bp  131  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  95.83 
 
 
75 bp  119  9e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  94.44 
 
 
75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  94.44 
 
 
75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  94.44 
 
 
72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  94.44 
 
 
72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  94.44 
 
 
72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  94.29 
 
 
75 bp  107  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  95.38 
 
 
72 bp  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  93.06 
 
 
75 bp  103  6e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  93.06 
 
 
72 bp  103  6e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  93.06 
 
 
75 bp  103  6e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  93.06 
 
 
75 bp  103  6e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  93.06 
 
 
75 bp  103  6e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  93.06 
 
 
75 bp  103  6e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  93.06 
 
 
75 bp  103  6e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  91.89 
 
 
75 bp  99.6  9e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  91.89 
 
 
75 bp  99.6  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  91.89 
 
 
75 bp  99.6  9e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  91.89 
 
 
75 bp  99.6  9e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0029  tRNA-Val  91.89 
 
 
75 bp  99.6  9e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0245746  normal  0.0651884 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0027  tRNA-Val  91.89 
 
 
75 bp  99.6  9e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.60657 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0028  tRNA-Val  91.67 
 
 
72 bp  95.6  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000436096 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  91.67 
 
 
72 bp  95.6  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  91.67 
 
 
72 bp  95.6  1e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0029  tRNA-Val  91.67 
 
 
72 bp  95.6  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.575368 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  91.67 
 
 
72 bp  95.6  1e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15510  tRNA-Val  90.54 
 
 
75 bp  91.7  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00141573  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  90.54 
 
 
75 bp  91.7  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  90.54 
 
 
75 bp  91.7  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  90.54 
 
 
75 bp  91.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  90.54 
 
 
75 bp  91.7  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  90.54 
 
 
75 bp  91.7  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0037  tRNA-Val  90.54 
 
 
75 bp  91.7  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  90.54 
 
 
75 bp  91.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  90.41 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  90.28 
 
 
72 bp  87.7  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  90.28 
 
 
72 bp  87.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  90.28 
 
 
72 bp  87.7  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309382  tRNA-Val  90.28 
 
 
72 bp  87.7  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.658487  normal  0.0584078 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309269  tRNA-Val  90.28 
 
 
72 bp  87.7  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  90.14 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  90.14 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  97.87 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  90.14 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  89.19 
 
 
75 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  89.19 
 
 
75 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0047  tRNA-Val  89.19 
 
 
75 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  89.19 
 
 
75 bp  83.8  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  89.19 
 
 
75 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0008  tRNA-Val  88.89 
 
 
72 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0036  tRNA-Val  88.89 
 
 
72 bp  79.8  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309100  tRNA-Val  88.89 
 
 
72 bp  79.8  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309173  tRNA-Val  88.89 
 
 
72 bp  79.8  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.124324  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0033  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000112986  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0037  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  88.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  97.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  97.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0031  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000451767 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13860  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0312518  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16760  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268589  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0021  tRNA-Val  97.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0144657  normal  0.36354 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  97.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0033  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000837062 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16730  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251043  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0045  tRNA-Val  97.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.218137  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0016  tRNA-Val  92.16 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000321371  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  94 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  87.84 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  86.49 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  86.49 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0029  tRNA-Val  90.74 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.23403e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  86.49 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  86.49 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  86.49 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  86.49 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  86.49 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0013  tRNA-Val  86.49 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.736454 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  86.49 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  86.49 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  86.49 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  86.49 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>