211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_R0022 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0001  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0040  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0037  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0035  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0031  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.488566  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0037  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000412611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0069  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0064  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.805533 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0054  tRNA-Ala  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0025  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000185989  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0006  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0025  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000151787  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0022  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0009  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0028  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.148209  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0002  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0072  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.665456  hitchhiker  0.000486615 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0114  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000837994  normal  0.210709 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0103  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0320244  normal  0.194371 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0019  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000122889  normal  0.598483 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0023  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0071  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000197346  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0047  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.119582  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0044  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000237327  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0040  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000974841  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0048  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00170622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0085  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000688408  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0035  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000225526  normal  0.205533 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0064  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0044  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167304  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0017  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0016  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.650839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.365423 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0318084  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0011    86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0001  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.272552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0002  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0019  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0012  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>