118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0017 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_R0017  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.650839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0020  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  97.33 
 
 		 76 bp  133  6e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0052  tRNA-Ala  97.01 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.353851  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.204027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14037  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.897629 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0029  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0049  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0013  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.466573  normal  0.290235 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07860  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0025  tRNA-Ala  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0038  tRNA-Ala  92 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.882256  normal  0.801232 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0040  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0041  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00164455  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0039  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000954288 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0023  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.20757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14002  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0037  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.822608  normal  0.125193 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0002  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0022  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.409471 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0001  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0002  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0531103 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0002  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0014  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0055  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.882837  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.162323  normal  0.0743617 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00110  tRNA-Ala  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0029  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0072  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.665456  hitchhiker  0.000486615 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4620  fumarylacetoacetase  96.3 
 
 		 1293 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0070  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0012  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.556924 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0035  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0054  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0002  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>