299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_R0072 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014211  Ndas_R0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.665456  hitchhiker  0.000486615 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0064  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0002  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0016  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.262033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5401  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0384247  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0813  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465063  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0050  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0108182  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0072  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0062  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0469123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0072  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000523195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0036  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000936293  normal  0.188106 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0010  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0704322  hitchhiker  0.00208971 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0067  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000523585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0057  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.185628  hitchhiker  0.000293533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0080  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00204855  normal  0.185983 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4844  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054319  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6151  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140064  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0018  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60010  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0174711  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60170  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000756055  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60560  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0012077  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60350  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.094178  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60390  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0878847  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60100  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.386359  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08590  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000156389 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55634  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.269014 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62070  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0493865 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70890  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.419729 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0033  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000292455  normal  0.447414 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0002  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0011  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000293397  hitchhiker  0.000919348 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0022  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.331538  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0091  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000036342  hitchhiker  0.00439232 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0056  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000771632  normal  0.557555 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t04  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t10  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0117548  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t16  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.266667  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t41  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.155004  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t62  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.132362  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA15  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.140136  normal  0.0102335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA50  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000979507  normal  0.305106 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA6  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0168581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA72  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA81  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00142149  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0006  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000138481  normal  0.649612 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0023  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000263771  hitchhiker  0.000576138 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R14  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000817824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R3  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00599738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R43  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000550301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R58  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000367704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R79  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000916269  hitchhiker  0.00756682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R92  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000124955  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0015  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00408326  hitchhiker  0.00315011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0078  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000280494  normal  0.145068 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0054  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00629084  normal  0.3868 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6008  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458315 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0097  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000376718  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0062  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000746222  normal  0.783318 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6015  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0054  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876029  normal  0.742043 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0018  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012168  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0084  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0057  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.646695 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0065  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0073  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153507 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0004  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0028446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0060  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000273656  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0058  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000693286  normal  0.541415 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0050  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00215399  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0008  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000983847  hitchhiker  0.000163043 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0055  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.882837  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t10  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.922263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t49  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t69  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.595714  hitchhiker  0.00914053 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  88.52 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.263748  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t01  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.126488  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28340  tRNA-Ala  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.146579 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00080  tRNA-Ala  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000907858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0029  tRNA-Ala  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0034  tRNA-Ala  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.151795  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0487  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.112524  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0002  tRNA-Ala  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000555494 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0048  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.544704  hitchhiker  0.00053111 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0056  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0061  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0021  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.984556  normal  0.270863 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0050  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200036 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0058  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0063  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>