129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Ala-1 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.263748  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0015  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000519668  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0002  tRNA-Ala  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0018  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012168  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0050  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00215399  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0004  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258987  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0018  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000251336  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0057  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00765372  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0072  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000392242  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0064  tRNA-Ala  88.52 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0072  tRNA-Ala  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.665456  hitchhiker  0.000486615 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0431  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.147993  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0008  tRNA-Ala  87.3 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00250215  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0029  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0034  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.151795  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0040  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0019  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0037  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10200  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.24537  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10290  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0058  tRNA-Val  88.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.400004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0021  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0415147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0100  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0050  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260163  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0048  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.117873  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0054  tRNA-Val  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0049  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.443386 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0049  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0050  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0050  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293545  normal  0.0134461 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0002  tRNA-Val  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0850764  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_002950  PGt05  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt30  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt36  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244061 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0002  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.552178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0002  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000555494 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0045  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 80 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0042  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.23769  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0042  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0021  tRNA-Ala  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166714  normal  0.0117064 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0021  tRNA-Ala  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0171602  hitchhiker  0.000301734 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0036  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.429203  normal  0.313017 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00080  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000907858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0013  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.557667  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28340  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.146579 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0055  tRNA-Ala  86.44 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.882837  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0038  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0011  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1165  hypothetical protein  96.15 
 
 		 396 bp  44.1  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.360814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla01  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0047  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.875026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAlaVIMSS1309204  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.72887  normal  0.842293 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309286  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0011  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAlaVIMSS1309163  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0019  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.23026 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0020  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>