More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0008 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00250215  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0038  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0041  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0030  tRNA-Ala  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0857706 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0041  tRNA-Ala  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0022  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000459218  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0080  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0041  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0004  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.892843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0037  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0014  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.288772  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0013  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0036  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0014  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0037  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0018  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000251336  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0004  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258987  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0072  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000392242  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0057  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00765372  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0010  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0057492  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0019  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.399377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309140  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0025  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0038  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0005  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.352047  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0056  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0011  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0004  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAlaVIMSS1309163  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0010  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.407573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAlaVIMSS1309204  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.72887  normal  0.842293 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAlaVIMSS1309372  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.272937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAlaVIMSS1309089  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0039  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0005  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00314904 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0051  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00326143  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0039  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.436106  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0009  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0020  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0057  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0965803  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0046  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0258027  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309290  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0018  tRNA-Ala  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0605541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0007  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0008  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0953331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0032  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.2035  normal  0.168105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0037  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.344221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0051  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0020  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.530354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0008  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.532547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0042  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.333285 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0027  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0167749  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0021  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000106448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0034  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000564918  normal  0.218531 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0020  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0040  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000841644  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0031  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309282  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.127609 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0015  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0051  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0003  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0037  tRNA-Ala  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00519956  normal  0.826758 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0027  tRNA-Ala  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.877101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0061  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.842258  normal  0.752535 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0016  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.168843  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0041  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0019  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0043  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.345633  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0049  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0010  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000320815  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0004  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000194526  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0037  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0068  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102371  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0004  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000388071  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0061  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.055135 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t04  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0006  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0020  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0044  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167304  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0062  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0023  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0006  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0054  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0081  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0023  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.365423 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0003  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0009  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0082  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0041  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0709552  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0003  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0009  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000731062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0003  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.203261 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0006  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0860739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0011  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.193139  normal  0.133058 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0020  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0048  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.544704  hitchhiker  0.00053111 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0056  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0061  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>