More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PGt05 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PGt05  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt30  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt36  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244061 
 
 
-
 
NC_002950  PGt45  tRNA-Ala  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0045  tRNA-Ala  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000176076  normal  0.226339 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAla02  tRNA-Ala  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.970472 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0027  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.554328 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07699  tRNA-Ala  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.515536  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13664  tRNA-Ala  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.235996  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0654  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1372  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0045  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0059  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.455983  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0047  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0017  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0069  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.181592  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0053  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0003  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0047  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.591987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0010  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.870532  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0016  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.367308  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0036  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.121176  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0052  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.495975  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0013  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0447386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0053  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0079  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.231908  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0048  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00554369  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0024  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00249338  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0004  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171326  hitchhiker  0.00000000652292 
 
 
-
 
NC_003295  RS00330  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00649993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05584  tRNA-Ile  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00134136  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_003295  RS05733  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0746893  normal  0.61314 
 
 
-
 
NC_003296  RS05382  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0151411  normal  0.0932844 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0053  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000325055  normal  0.687052 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0068  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000449242  hitchhiker  0.000000587301 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0077  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000309206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0060  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000596545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0004  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108101  normal  0.807397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0020  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.71083e-16  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0029  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000220959  unclonable  0.000000053075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0041  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000493148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0051  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.257366  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0061  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0210957  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0072  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00338762  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0080  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0573035  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0011  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0380305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0039  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000177246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0073  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000385296  hitchhiker  0.0000734054 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0080  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000119822  normal  0.781959 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0063  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0067  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.188044  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0056  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.115874  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0057  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.0056753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0052  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70314  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0028  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101563  normal  0.86399 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0013  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0442856  hitchhiker  0.0033866 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0062  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000193695  normal  0.338495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0079  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  normal  0.0302308 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0062  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000375232  hitchhiker  0.000000804387 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0043  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0232966  normal  0.0867643 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0052  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000478154  hitchhiker  0.000454644 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0041  tRNA-Ala  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0260276 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0015  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0003  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0004  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  normal  0.758397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0055  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0151112  normal  0.444616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0042  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0776895  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0027  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000951116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0072  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000111766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0082  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0003  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000376598  normal  0.235119 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0009  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000275815  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0014  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  6.55572e-16  normal  0.0217689 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0052  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000131419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0062  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.509078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0072  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0077  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000753043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0046  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.10564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0047  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.489079  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0013  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.332941  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0040  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0068  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0841557  hitchhiker  0.0022549 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0006  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0004  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000214056  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0037  tRNA-Ala  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.021593 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0015  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143157  hitchhiker  0.00508793 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0091  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000387028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0032  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0010  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.081559  normal  0.0343248 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0053  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0417957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0006  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.118096  hitchhiker  0.00000272915 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0060  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0050  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0011  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.620126  normal  0.156635 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0096  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000493226 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0018  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0008  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000503883  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0020  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0164  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.405268  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1707  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>