170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0017 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  149  1.0000000000000001e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13160  tRNA-Ala  94.67 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.10655  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0054  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.243452  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0019  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.23026 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  95.16 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  95.16 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  95.16 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  95.08 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  95.08 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  95.08 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0047  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.875026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0019  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  95.08 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0044  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.695473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0045  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0042  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.23769  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0042  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19780  tRNA-Ala  90.16 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0025  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0052  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30530  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.601239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0038  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.882256  normal  0.801232 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0029  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0014  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0013  tRNA-Ala  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.6257 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0018  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10290  tRNA-Ala  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10200  tRNA-Ala  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.24537  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0012  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.556924 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0027  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0770393  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0028  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0970246  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0040  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0039  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.164532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0038  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07860  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0049  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0020  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>