203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_R0055 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0018  tRNA-Ala  91.04 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012168  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0050  tRNA-Ala  91.04 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00215399  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0044  tRNA-Ala  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.695473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0013  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.6257 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0018  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0029  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0034  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.151795  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0012  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.556924 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07560  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.458436  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0051  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.510078  normal  0.0905672 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0009  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0014  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0213488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  86.57 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0032  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0017  tRNA-Ala  86.57 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476615  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  86.57 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0075  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0004  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.155196  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0049  tRNA-Ala  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0055  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.882837  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0010  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.319712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0009  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292395  normal  0.689631 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0080  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0040  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0690466  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0067  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00925323  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0058  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0004  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0064  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0296327  normal  0.0688204 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0037  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0234109  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0040  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0017  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0025  hypothetical protein  94.12 
 
 		 1080 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00265781  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0053  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0016  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.650839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0027  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0003  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0022  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0054  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0077  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0064  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.805533 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4580  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0020  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1707  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1834  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0002  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0033  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0007  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291536 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0023  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0030  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.284622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0076  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.989277 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0083  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0047  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0039  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0737446 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0048  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.498854 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0056  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0056  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216594  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>