255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0048 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0007  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0064  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.805533 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA3  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19780  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0052  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04940  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.669042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0014  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0014  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.580851  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0019  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0011    84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08330  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0848374 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0001  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.272552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0002  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0019  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0012  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0048  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.152542 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0054  tRNA-Ala  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0029  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000441768  normal  0.0859577 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1359  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0044  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331518  normal  0.880519 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0031  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0170329  normal  0.236609 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0049  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.695027  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0031  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.488566  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0054  tRNA-Ala  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0016  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.650839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0009  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0006  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>