104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0013 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.6257 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  151  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.556924 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0018  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0010  tRNA-Ala  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.319712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0009  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0049  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0044  tRNA-Ala  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.695473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0064  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0296327  normal  0.0688204 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0053  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0075  tRNA-Ala  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0014  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0036  tRNA-Ala  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.126613 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0019  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0041  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00164455  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0039  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000954288 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0019  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.23026 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0025  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0045  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0042  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.23769  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0047  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.875026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0042  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07860  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0020  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0038  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.882256  normal  0.801232 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0052  tRNA-Ala  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0013  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.466573  normal  0.290235 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0049  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30530  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.601239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0031  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.057517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0045  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0202623  normal  0.372348 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0003  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.300151 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  96.3 
 
 		 364 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    96.3 
 
 		 364 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0040  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00199817  normal  0.0150591 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0029  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0036  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0017  tRNA-Ala  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    96.15 
 
 		 380 bp  44.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0016  tRNA-Ala  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.650839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0012    96.15 
 
 		 384 bp  44.1  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0531103 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>