174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_R0041 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0041  tRNA-Ala  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00164455  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0039  tRNA-Ala  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000954288 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1394  tRNA-Ala  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0531103 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0037  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.822608  normal  0.125193 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0052  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00190708  normal  0.716322 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0050  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0674912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0051  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0020  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07860  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0027  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0770393  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0028  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0970246  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0016  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00136922  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0017  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000513914  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0039  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.164532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0038  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268958  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0040  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0012  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.556924 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0013  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.6257 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0036  tRNA-Ala  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.126613 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0044  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.695473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0014  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0049  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0017  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0016  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.650839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0018  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0052  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.353851  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0029  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0033  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.209618  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0034  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.31263  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0025  tRNA-Ala  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0012  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0011  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.204027  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0038  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0011  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14037  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.897629 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0023  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.20757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0038  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.882256  normal  0.801232 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0021  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.584667  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAlaVIMSS1309191  tRNA-Ala  92 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0013  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.466573  normal  0.290235 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10290  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0009  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0010  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.319712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10200  tRNA-Ala  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.24537  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0032  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309124  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.127335  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309258  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.195414 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0064  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0296327  normal  0.0688204 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0019  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0049  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0046  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.150337  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>