99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1394 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1394  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0017  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000513914  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0016  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00136922  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0037  tRNA-Ala  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.822608  normal  0.125193 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0052  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00190708  normal  0.716322 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0050  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0674912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0051  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0027  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0770393  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0028  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0970246  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0038  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268958  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0039  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.164532  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0040  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0531103 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0036  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.126613 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07860  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0039  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000954288 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0033  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.209618  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0041  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00164455  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0034  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.31263  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0073  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13160  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.10655  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0054  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.243452  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0052  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.353851  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10200  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.24537  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0049  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10290  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0038  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0011  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.204027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14037  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.897629 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0012  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0011  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0049  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1352  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0029  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0019  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.23026 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAlaVIMSS1309191  tRNA-Ala  88 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0020  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0038  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499148  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0021  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.584667  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0025  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.627551 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0024  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0028  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.584066 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0027  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425018 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0042  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0045  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0038  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.882256  normal  0.801232 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0041  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209251  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0042  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.23769  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0050  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00234368 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0044  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0369335 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0019  tRNA-Gly  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0025  tRNA-Ala  84 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0013  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.466573  normal  0.290235 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0041  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00225081  hitchhiker  0.00893878 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  82.43 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0020  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.748277  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0023  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0017  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0053  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  82.43 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  82.43 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0047  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00129328  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  82.43 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0016  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0046  tRNA-Ala  88.1 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.150337  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0013  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000441273  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0020  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309124  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.127335  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0016  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14880  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.67591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00820  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.193578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0044  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.363029  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0017  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156836  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14032  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156026  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>