123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_R0052 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.353851  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.204027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14037  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.897629 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0020  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0049  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07860  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0029  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0017  tRNA-Ala  97.01 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0016  tRNA-Ala  97.01 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.650839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0013  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.466573  normal  0.290235 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0038  tRNA-Ala  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.882256  normal  0.801232 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0025  tRNA-Ala  92 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0023  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.20757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0040  tRNA-Ala  90.77 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0531103 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0037  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.822608  normal  0.125193 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1394  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0041  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00164455  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0039  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000954288 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0052  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00190708  normal  0.716322 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0050  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0674912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0051  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0019  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.23026 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0017  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000513914  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00110  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0030  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000491237  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14002  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0016  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00136922  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1352  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0027  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0770393  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0028  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0970246  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0001  tRNA-Ala  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t18  tRNA-Ala  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000569276  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0045  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0038  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0012  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.569258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0042  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.23769  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0047  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.875026  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0042  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0002  tRNA-Ala  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0039  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.164532  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0014  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254024  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0040  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0002  tRNA-Ala  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0009  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0044  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.695473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.162323  normal  0.0743617 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0045  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0148496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0029  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0053  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0030  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0040  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.403518  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0048  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000617749  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0041  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209251  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0045  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.215104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0049  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000594982  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10290  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>