182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1441 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  145  2e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0040  tRNA-Ala  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1816  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309286  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0052  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0002  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0002  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30530  tRNA-Ala  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.601239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0002  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0043  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0043  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.734011 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0012  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.000301607  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0025  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0019  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.882256  normal  0.801232 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0053  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0001  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0016  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0018  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0075  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1359  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0013  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.6257 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0012  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.556924 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0064  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0054  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127331  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0065  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0044  tRNA-Ala  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04940  tRNA-Ala  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.669042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0002  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000366023  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0031  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0170329  normal  0.236609 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19780  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>