143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_R0043 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0047  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.875026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0019  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.23026 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0045  tRNA-Ala  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0042  tRNA-Ala  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.23769  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0042  tRNA-Ala  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0019  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0052  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30530  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.601239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0009  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0044  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.695473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0053  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0027  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0770393  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0028  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0970246  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0054  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.243452  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0038  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268958  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0039  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.164532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0040  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13160  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.10655  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0018  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0050  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0674912 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0051  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0052  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00190708  normal  0.716322 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1359  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0023  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.20757  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0014  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19780  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0013  tRNA-Ala  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.6257 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0012  tRNA-Ala  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.556924 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0049  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0033  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.209618  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0034  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.31263  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0037  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.822608  normal  0.125193 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07860  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0010  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.319712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0531103 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0011  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0049  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0064  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0296327  normal  0.0688204 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0012  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0011  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.204027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0011  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0052  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.353851  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14037  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.897629 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0016  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00136922  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0017  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000513914  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10200  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.24537  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10290  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>