262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0050 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0531103 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0039  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000954288 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0041  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00164455  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0037  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.822608  normal  0.125193 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1394  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07860  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0052  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00190708  normal  0.716322 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0013  tRNA-Ala  93.44 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0927028  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0032  tRNA-Ala  93.44 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0030  tRNA-Ala  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0510531  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0051  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1352  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0050  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0674912 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309258  tRNA-Ala  93.44 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.195414 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAlaVIMSS1309149  tRNA-Ala  93.44 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0382478  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0016  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00136922  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0038  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14037  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.897629 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0028  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0970246  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00110  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288269  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10200  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.24537  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0021  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.584667  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0002  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0002  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.478829 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0002  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0012  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10290  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0038  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAlaVIMSS1309346  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.190165 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13041  hypothetical protein  91.8 
 
 		 165 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.195099 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0027  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0770393  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0017  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000513914  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0040  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0011  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.204027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0023  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.20757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAlaVIMSS1309073  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAlaVIMSS1309191  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0011  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0039  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.164532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0052  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.353851  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0073  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309124  tRNA-Ala  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.127335  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0002  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0114532  normal  0.0453152 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00090  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0036  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.126613 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0002  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0033  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.106425 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0045  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.215104  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t37  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295961  normal  0.0193801 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t39  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.304224  normal  0.0192594 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t41  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0706595  normal  0.0191352 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0031  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0725806 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0020  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0049  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000594982  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0075  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0033  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.209618  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0034  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.31263  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R34  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0045  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0148496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t18  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000569276  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0018  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.916069 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0073  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0051  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.118722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0021  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000859233  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0071  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.735221 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0047  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.055133  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0029  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0737058 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0040  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.403518  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0048  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000617749  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0049  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.123188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0049  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0027  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0020  tRNA-OTHER  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0031  tRNA-OTHER  91.3 
 
 		 69 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0833081  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0002  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0002  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000000554808 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0050  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00215399  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0018  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012168  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0052  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0054  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.612853 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0014  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0050  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00234368 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>