208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET_tRNA-Ala-3 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  97.26 
 
 
73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  91.89 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  93.1 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0040  tRNA-Ala  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  89.04 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0052  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1816  tRNA-Ala  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309286  tRNA-Ala  91.38 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30530  tRNA-Ala  88.71 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.601239  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  93.48 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0002  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0002  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  86.3 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0002  tRNA-Ala  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0043  tRNA-Ala  90.2 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0043  tRNA-Ala  90.2 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.734011 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0025  tRNA-Ala  100 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0013  tRNA-Ala  91.49 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.6257 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  91.49 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  85.71 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  87.93 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0018  tRNA-Ala  91.3 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  85.71 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  85.71 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0012  tRNA-Ala  88.89 
 
 
73 bp  60  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.000301607  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.882256  normal  0.801232 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0012  tRNA-Ala  91.3 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.556924 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0075  tRNA-Ala  91.11 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0016  tRNA-Ala  85.51 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  84.93 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0019  tRNA-Ala  84.93 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  84.93 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0001  tRNA-Ala  89.58 
 
 
76 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.599986  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0053  tRNA-Ala  90.91 
 
 
74 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  96.88 
 
 
73 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04940  tRNA-Ala  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.669042  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1359  tRNA-Ala  89.58 
 
 
73 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0064  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0054  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127331  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0065  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  96.77 
 
 
73 bp  54  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  89.36 
 
 
76 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>