231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_R0012 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA52  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6003  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.126047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0051  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0034  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0053  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.914408  normal  0.310755 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0012  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.337917 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0013  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0032  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.900036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0061  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.472311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0560  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2171  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.100326  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0042  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00571323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0044  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0369335 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0031  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0843462 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0001  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1198  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0149527  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0054  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.243452  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna020  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000590074  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0047  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna131  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000799453  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0005  tRNA-OTHER  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.357791 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000119113  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0011  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000213973  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0041  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0058  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13160  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.10655  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0042  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1813  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2559  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122193  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2561  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000630917  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0011  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000344573  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0264788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0027  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00584174  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0176  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0417  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00804447  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt27  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.938992 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0017  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000513914  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0025  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.287713  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0025  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.676625  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.929932 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0016  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00136922  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0001  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0025  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0018  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.387982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0053  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0365  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000585486 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0030  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0373  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0664005  normal  0.64583 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0358  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>