More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0033 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.929932 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0059  tRNA-Val  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0091  tRNA-Val  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.830426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0090  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.825054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0092  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.825054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0011  tRNA-Val  96.55 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0061  tRNA-Val  93.1 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.304237  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0060  tRNA-Val  93.1 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.206205  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0062  tRNA-Val  93.1 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.296107  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt40  tRNA-Val  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt41  tRNA-Val  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0055  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0368844  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0062  tRNA-Val  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0076  tRNA-Val  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-1  tRNA-Val  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000143563  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-3  tRNA-Val  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0062  tRNA-Val  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0009  tRNA-Val  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000461705  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0009  tRNA-Val  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748453  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0076  tRNA-Val  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t26  tRNA-Val  97.37 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t28  tRNA-Val  97.37 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.199855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t43  tRNA-Val  97.37 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0556993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0018  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0179494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0038  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60430  tRNA-Val  97.37 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0036  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0020  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0069  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0543632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0035  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.309036  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0003  tRNA-Val  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.401069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0086  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.211919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0084  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tVal01  tRNA-Val  92 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.231904  normal  0.628895 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  97.37 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  97.37 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0002  tRNA-Val  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.264825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0053  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-1  tRNA-Val  90 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-2  tRNA-Val  90 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00946418  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-3  tRNA-Val  90 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-4  tRNA-Val  90 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-5  tRNA-Val  90 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0556  tRNA-Val  90 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2175  tRNA-Val  90 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.527459  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2568  tRNA-Val  90 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0023  tRNA-Val  90 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0226385  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0083  tRNA-Val  90 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0172  tRNA-Val  90 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0413  tRNA-Val  90 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.117487  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0277  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.5301700000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0027  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0026  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.218598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1915  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000764546  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0049  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000361087  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0600  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 155 bp  56  0.000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0071  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0069  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000032502  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0079  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.262586  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07701  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.895897  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0006  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0009  tRNA-Gly  87.93 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000723102  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  87.93 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  87.1 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  87.1 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  87.1 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0046  tRNA-Gly  87.93 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000127996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0044  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t48  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t50  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-2  tRNA-Val  92.11 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000213554  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-3  tRNA-Val  92.11 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108525  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0003  tRNA-Ala  91.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00134196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0028  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0127265  normal  0.289894 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-1  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155621  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-2  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000053562  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-3  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196603  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-4  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000015578  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-6  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778849  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>