297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2559 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2559  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122193  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1813  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna020  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000590074  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2561  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000630917  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna131  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000799453  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000119113  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t024  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t097  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t098  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0116  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.145812  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0026  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000193021  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0089  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000343709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0117  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.196066  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0017  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000587442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0016  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0131  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0022  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0023  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000214609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0117  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000471019  normal  0.0136219 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0117  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000010533  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0134  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000115424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0135  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000102707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0022  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00394486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0023  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0114  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000342233  normal  0.573602 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5233  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000806074  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000428942  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5235  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000789982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214401  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0002  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.236408  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0121  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000547539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0099  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0088  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0004  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.170858  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000899305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011069  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4322  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000374213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000337222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0086  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0096  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0011  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000391408  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0017  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0144  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613621  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0028  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00514358  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000899293  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727228  decreased coverage  0.000000214334 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0016  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t107  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0048  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000100606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0142  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t001  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>