More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0002 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.552178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28340  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.146579 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0002  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000555494 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00080  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000907858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0456  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0384853  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2157  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2231  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1523  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1510  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2321  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0035  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0040  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1274  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0077  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.329264  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0033  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2188  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2238  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0153  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0507  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0352051  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2257  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.124846  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1705  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1712  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1725  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.67576  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0053  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0461  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.689398  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1464  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0518  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0024  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134353 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0019  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0023  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0032  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0020  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0164  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.405268  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1707  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1834  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000878402  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0054  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.755946  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0016  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000390105  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0065  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0016  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000267693  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0054  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0065  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04600  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0019  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0037  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA10  tRNA-Ala  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA18  tRNA-Ala  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0054  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0047  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00190  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0015    90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.348297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0053  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0663368 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0020  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.844212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0063  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124606  normal  0.113199 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0010  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.021677 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0068  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0015  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0045  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0027  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.285298  hitchhiker  0.00194962 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0053  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.4871  normal  0.314649 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0040  tRNA-Val  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0024  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00249338  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0029  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0048  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00554369  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0079  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.231908  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0034  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.151795  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0002  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-7  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0082  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0009  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0553  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2178  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2450  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2493  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2571  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2608  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0003  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0020  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0080  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0169  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0182  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0410  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1783  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0054  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0043  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.345633  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0037  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>