145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_R0055 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  98.68 
 
 		 77 bp  143  7e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0036  tRNA-Arg  92.75 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154889  normal  0.245058 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0009    89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.956254 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0008  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0011  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.966891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0045  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0010  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0009  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122464  normal  0.0281964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0008  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0006  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.649743 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0008  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0049  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00163876  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0011  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  6.87033e-26  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0018  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000291564  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0033  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.258005  decreased coverage  0.00480976 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0013  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0697011  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0029  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00115694  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000581838  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0033  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335539  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0018  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.46927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0057  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000324557  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0033  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0026  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.335207  hitchhiker  0.00751265 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.263748  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0032  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178807 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>