More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_01010 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_rna086  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  145  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000772007  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01010  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2834  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000118902  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0017  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 73 bp  107  3e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0096  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000883074  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0111  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000942112  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3137t  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00236079  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0094  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000040365  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0104  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000207184  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0065  tRNA-Ala  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.485715 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0056  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0181776  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00039  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000221447  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0062  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3627  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00311856  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4597  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2604  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0335338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2776  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.453071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0030  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000491237  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0060  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0168409 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2669  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2008  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0017  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.0000742006  normal  0.411264 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0041  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148903  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0039  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000491618  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0042  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.153613  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0187  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  89.04 
 
 		 147 bp  81.8  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2646  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2775  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.466623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3626  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00292958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2555  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000235232  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2554  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0050  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.21974  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0049  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.661163 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0051  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.517344 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0053  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.522841 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0051  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138749  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0038  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000499676  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0057  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00550972  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0068  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0550455 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0051  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0067  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0193127 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0053  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0055  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.623624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0071  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0063  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.949581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0016  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0066  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0017  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.238623  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0035  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00302352  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0076  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0810771  normal  0.223627 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4205  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556554  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t37  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295961  normal  0.0193801 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t39  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.304224  normal  0.0192594 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t41  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0706595  normal  0.0191352 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0017  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00161415  hitchhiker  0.00407434 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0044  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2625  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000251255  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R32  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R34  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0066  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000021471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0062  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000778147  normal  0.022465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0064  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000617351  normal  0.0220533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0064  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000015576  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0058  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000348439  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0056  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000000305477  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0060  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000591053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0062  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0076  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0075  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0087  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00553547  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>