81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0002 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000366023  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0050  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000486604  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285591  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04940  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.669042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0039  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.980011 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0016  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0001  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000732072  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.159115  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0001  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0017  tRNA-Ala  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0051  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.510078  normal  0.0905672 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0037  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0234109  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0008  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.142528  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0008  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.52636  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0008  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0607736  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0007  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.682382  normal  0.836798 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0018  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000251336  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0072  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000392242  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0057  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00765372  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0004  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258987  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3144  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0002  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0065  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0064  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0054  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127331  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0037  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0043  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.345633  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0054  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0068  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102371  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0081  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0036  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000174487 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0006  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0019  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0055  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.186103  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0050  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.903687  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0001  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0056  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1816  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0045  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0019  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0049  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0061  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.055135 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0044  tRNA-Ala  82.86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331518  normal  0.880519 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0038  tRNA-Ala  86 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0039  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0003  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0016  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.168843  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0023  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0055  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229189  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0041  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0053  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0066  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0285169  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0029  tRNA-Ala  82.86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000441768  normal  0.0859577 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>